La Escuela de PostGrado de la Universidad Nac. Pedro Ruiz Gallo fue creada mediante resolución Nº 1184-91-R de fecha 27 de noviembre de 1991. 

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La Asamblea Nacional de Rectores autorizó su funcionamiento a través de la resolución Nº 646-93-ANR. El Primer Consejo Directivo estuvo presidido por el Ing. M.Sc. Vicente Valdez Morante (Director) e integrado por el Dr. Alfredo Cafferata Farfán, Dr. julio Tello Lazo, Ing. M. Sc. Francis Villena Rodríguez, Ing M.Sc. Mercedes de la Torre Ugarte Cochado y M. V. M Sc.Ruth Alva Fernández.

En el marco de los alcances del convenio de cooperación interinstitucional entre las universidades del norte del Perú y las universidades del sur de Ecuador, se firmó el convenio especifico de servicios académicos entre la Universidad de Loja – Ecuador, y la Universidad Nacional Pedro Ruiz Gallo, con el que la Escuela de Postgrado de la UNPRG inició sus actividades en 1993 con el programa de maestría en Docencia Universitaria. Posteriormente este programa contó con el apoyo académico de la Universidad Autónoma de México – Unidad Xochimilco, y actualmente se viene recibiendo el apoyo del Ministerio de Educación Superior de Cuba.

En 1994, mediante convenio con la Universidad Peruana Cayetano Heredia, se desarrolló la maestría de Salud Pública, y desde ese año la Escuela de Postgrado ha ido incrementado paulatinamente sus programas de Postgrado.

En cumplimiento del Plan de Desarrollo de la Escuela de Postgrado, se han creado nuevos programas de maestría y doctorado, orientados al reto que implica el proceso de descentralización y regionalización del país; se está activando el funcionamiento del Instituto de Investigación y Desarrollo de la EPG; para trabajar armónica y coordinadamente con el Gobierno Regional y demás instituciones que unan esfuerzos para el desarrollo de nuestra región y de país.